Возможно ли УК установить систему, что при оплате долга по ЖКУ списывается долг за пени?

Собственно именно такой порядок исполнения обязательств и предусмотрен российским законодательством, в частности ст.319 Гражданского кодекса РФ:

ГК РФ Статья 319. Очередность погашения требований по денежному обязательству

 Сумма произведенного платежа, недостаточная для исполнения денежного обязательства полностью, при отсутствии иного соглашения погашает прежде всего издержки кредитора по получению исполнения, затем - проценты, а в оставшейся части — основную сумму долга.

Другое дело, что управляющие компании по каком-то причинам не хотят соблюдать законодательство