Как лишить сестру доли в моей квартире, если у меня есть доля в ее квартире?

Единственный законный способ лишить человека доли в собственности — выкупить ее (по соглашению или принудительно через суд).

ГК РФ Статья 252. Раздел имущества, находящегося в долевой собственности, и выдел из него доли

В случаях, когда доля собственника незначительна, не может быть реально выделена и он не имеет существенного интереса в использовании общего имущества, суд может и при отсутствии согласия этого собственника обязать остальных участников долевой собственности выплатить ему компенсацию.

ГК РФ Статья 250. Преимущественное право покупки

1. При продаже доли в праве общей собственности постороннему лицу остальные участники долевой собственности имеют преимущественное право покупки продаваемой доли по цене, за которую она продается, и на прочих равных условиях, кроме случая продажи с публичных торгов, а также случаев продажи доли в праве общей собственности на земельный участок собственником части расположенного на таком земельном участке здания или сооружения либо собственником помещения в указанных здании или сооружении.